Symptomerne på fødevareintolerance er mangfoldige, og ændres typisk gennem leveårene. En ubehandlet intolerance stresser kroppen, hvilket ofte resulterer i at symptomerne med tiden forværres. Hyppige fysiske symptomer:

• Mavegener typisk diarre, forstoppelse eller halsbrand
• Hudproblemer som eksem og rødmen af huden
• Smerter i muskler og led
• Høfeber-gener såsom stoppet næse og kløende øjne
• Mellemørebetændelse eller susen for ørerne
• Astma, bronkitis eller vedvarende hoste
• Hovedpine, svimmelhed og væskeophobninger

Hyppige psykiske symptomer:

• Humørsvingninger
• Koncentrationsbesvær
• Hyperaktivitet
• Træthed

Fødevareintolerance kan også være årsag til tilstande som:

• Forhøjet blodtryk
• Hormonelle ubalancer
• Autoimmune sygdomme
• ADHD og autisme